In der neuen Führungsorganisation übernimmt der Gemeinderat die politisch-strategische Führungsverantwortung in der aufstrebenden und dynamischen Gemeinde. Die Umsetzung der operativen Tätigkeiten wird weitgehend an die Gemeindeverwaltung übertragen. Die strategischen und operativen Führungsebenen werden in der neuen Organisation klarer getrennt. Der/Die Geschäftsführer/in (Personalunion mit Gemeindeschreiber/in) führt die Geschäftsleitung und ist als Leitungsperson selbst für einen Verwaltungsbereich verantwortlich.
Die neue Führungsorganisation wurde unter Mitwirkung von Interessengruppen durch den Gemeinderat und die Verwaltungsleitung erarbeitet. Die HSS Unternehmensberatung begleitete die Einwohnergemeinde Andermatt in diesem Prozess.